1990 bis 1999

Die 1990er stel­len das er­folg­reichs­te Jahr­zehnt der jün­ge­ren Ge­schich­te des Spiel­ver­eins dar, in dem es zu einer sport­li­chen Wie­der­au­fer­ste­hung kam: 1991 konn­te der MSV nach nur zwei Jah­ren in der zwei­ten Liga in die Erste Bun­des­li­ga zu­rück­keh­ren. 1992 und 1995 fiel man zwar wie­der­um für je­weils ein Spiel­jahr zu­rück in die Zweit­klas­sig­keit, er­leb­te zwi­schen 1997 und 1999 dann je­doch eine aus­ge­spro­chen er­folg­rei­che Pe­ri­ode: Durch­ge­hend be­leg­ten die Ze­bras ein­stel­li­ge Ta­bel­len­po­si­tio­nen, zu­sätz­lich er­reich­ten sie 1998 zum drit­ten Mal das Fina­le des DFB-Pokal und da­durch 1998/99 auch den Eu­ro­pa­cup der Po­kal­sie­ger, schei­ter­ten je­doch in der ers­ten Runde. Eben­falls 1998 stan­den sie in den End­spie­len des UI-Cups.